El Plan Medioambiental tiene como uno de sus principales objetivos la protección integral de la naturaleza. Esto implica preservar áreas con funciones ambientales importantes, así como la biodiversidad, los ecosistemas y las especies. Además, busca garantizar que el uso de los recursos naturales se realice de manera que minimice los impactos negativos. Este objetivo se concreta en el ordenamiento territorial, donde se zonifican áreas como preferentes y prioritarias para la protección natural, tanto en el borde lacustre como en la fracción terrestre. La “conservación” y la “preservación” son elementos clave en esta definición de protección. El enfoque incluye mantener los usos existentes y desarrollar el potencial para diversos usos productivos, considerando la sensibilidad de los componentes ambientales, la fragilidad de ambientes específicos y la necesidad de proteger áreas con alto grado de naturalidad o calidad del medio ambiente. Además, se busca la recuperación de sectores degradados.