La comuna de Puyehue se originó en 1930 cuando un terreno llamado Entre Lagos. 

Los primeros habitantes dieron vida al pueblo, enfrentando necesidades como la comunicación, que llevó a la creación de una estafeta de correos en 1940. En 1941, empresarios madereros iniciaron la explotación maderera, aumentando la población. La industria utilizaba el Lago Puyehue para transportar madera y elaborar terciados, generando empleo y atrayendo nuevas familias.

El crecimiento poblacional impulsó la necesidad de una escuela, naciendo la Escuela nº 33 en 1941. Luego, la llegada de la Empresa de FerroPuyehue y Rupanco, fue vendido a la “Caja de Colonización”. En 1938, don Sigisfredo García destinó una parte para fundar el pueblo “Entre Lagos”, con enfoque agrícola.

Entre Lagos se convirtió en la capital comunal en 1971, oficialmente establecida como la Ilustre Municipalidad de Entre Lagos en 1972. Posteriormente, la Ley Nº 18.715 cambió el nombre de la comuna a Puyehue en referencia al lago, volcán y complejo termal.